홋카이도 하코다테에 있는 오노에 재벌 가의 창고에 괴도 키드의 예고장이 도착한다. 빅 주얼만을 노리는 키드가 이번에 노리는 것은 과거 신선조 귀신 부장 히지카타 토시조와 얽힌 전설적인 검. 검술 대회에 참가하기 위해 하코다테에 방문한 핫토리 헤이지와 그를 응원하기 위해 온 코난 일행도 괴도 키드를 막기 위해 사건에 뛰어들게 된다. 한편, 가슴에 열 십 자(十) 모양의 자상을 입은 시신이 발견되고 죽음의 상인이라고 불리는 무기상이 용의자로 지목된다. 그 역시 괴도 키드가 찾는 검을 노리고 있었고, 그 검이 오노에 가문이 세대에 걸쳐 지킨 보물을 찾을 열쇠임이 밝혀진다. 검을 쫓는 키드에게 수수께끼의 검사가 습격해 오고, 절체절명의 위기가 닥쳐오는데…! 검에 숨겨진 진실이 어두운 밤을 베고 달빛 아...
